在行医实践中，孔伯华逐渐形成了自己独特的温病和各种内科杂症医疗体系。中医界历来有伤寒学派和温病学派之分，但年轻的孔伯华认为，两派其实并没有根本区别，只是在治疗方法和用药上分为辛温和辛凉。
孔伯华对金元四大医家之一刘完素“世态居民有变”的学说非常推崇，认为人们的身体素质和古人已经有了很大差异，所生疾病也有所不同。他认为，今人除了多受“温邪”困扰之外，还易被“湿邪”所困，而且常见湿热合邪。
鉴于很多庸医局限于门派，有时不仅不能治病救人，反而可能断送病人的性命，孔伯华对门户之见深恶痛绝，他在文章中曾写道：“用药杀人，医者尚不自知，较之兵刑杀人者，更为阴毒。”
1915年，31岁的孔伯华收到北平外城官医院的邀请，成为一名正式的就职医官。
外城官医院是今天宣武中医院的前身，建于光绪三十四年（1908年），是国内最早仿效西方体制建立的公立医院，除了提供门诊和接收住院等日常工作，还负责公共防疫等事宜。
当时，北平很多名医都在外城官医院坐诊，如杨浩如、陈企董、陈伯雅、赵云卿、张菊人等。在与这些名医共事的过程中，孔伯华学到了不少知识，进一步开阔了眼界。
